Misi adalah langkah-langkah yang akan dilakukan guna mewujudkan visi. Sehingga guna mewujudkan visi Desa Kabunan, maka telah ditetapkan misi-misi yang memuat sesuatu pernyataan yang harus dilaksanakan oleh desa agar tercapainya visi desa tersebut. Pernyataan visi dijabarkan ke dalam misi agar dapat dioperasionalkan/dikerjakan. Sebagaimana penyusunan visi, misipun dalam penyusunannya menggunakan pendekatan partisipatif dan pertimbangan potensi dan kebutuhan Desa Kabunan, sebagaimana proses yang dilakukan, maka misi Desa Kabunan adalah:

1. Mengoptimalkan kinerja Perangkat Desa secara maksimal sesuai dengan Susunan Organisasi dan Tata Kerja (SOTK) dan Tugas Pokok dan Fungsi (TUPOKSI) Perangkat Desa demi terciptanya pelayanan yang baik terhadap masyarakat Desa Kabunan;
2. Menyelenggarakan pemerintah desa yang bersih dan bebas dari korupsi serta melaksanakan kegiatan pembangunan dengan baik, jujur, transparan dan akuntabilitas sehingga dapat dipertanggungjawabkan;
3. Melaksanakan koordinasi antar mitra kerja dan lembaga yang ada di Desa Kabunan;
4. Meningkatkan sumber daya manusia (SDM) dan memanfaatkan sumber daya alam (SDA) yang ada untuk mencapai kesejahteraan masyarakat di Desa Kabunan;
5. Meningkatkan kwalitas kesehatan masyarakat desa;
6. Meningkatkan kesejahteraan masyarakat desa dengan melibatkan secara langsung masyarakat dalam pembangunan dan kegiatan yang ada di Desa Kabunan;
7. Meningkatkan kapasitas kelembagaan yang ada di Desa Kabunan.